Heredó la corona de Navarra a la tierna edad de un añito cuando murió su padre Enrique I. Su madre, Blanca de Artois, se ocupó de la regencia, apoyada siempre por la corona de Francia. Convocada por la Reina Madre, se celebró una reunión en la Catedral de Pamplona, en la que se eligió gobernador a don Pedro Sánchez, señor de Cascante.
Alfonso X de Castilla y Jaime I de Aragón querían beneficiarse de una supuesta debilidad en el trono de Navarrra, pretendían conseguir bajo presión (y coacción) un matrimonio entre Juana y uno de sus príncipes. Blanca, que rechazaba las injerencias de sus vecinos, jugó sus cartas y acudió a su primo el rey de Francia, Felipe III el Atrevido. Acordaron el matrimonio entre la joven reina y el delfín Felipe. A partir de este momento, en condición de tutor (y protector) Felipe III extendió sus redes sobre el Reino de Navarra. Consecuencia de esta intromisión en asuntos navarros, estalló una guerra civil, la guerra de la navarrería, entre partidarios del francés y los apoyos del gobernador navarro, avivando el fuego de la rivalidad entre castellanos y franceses. Tras la intervención de tropas francesas Pamplona quedó prácticamente arrasada.
En 1284 Juana se casó con el futuro Felipe IV "el Hermoso" en la catedral parisina de Notre Dame. Un año después de la boda, murió Felipe III, Juana I reina en Navarra y se convierte en la reina consorte de Francia. De todas formas, Juana I hizo poco por su reino, delegando la mayor parte de las veces en su esposo el rey Felipe IV.
