Gregorio IX, Sumo Pontífice entre 1227 y 1241 mantuvo un durísimo enfrentamiento con el emperador del Sacro Imperio, Federico II, al que excomulgó, provocando un conflicto abierto entre los ejércitos pontificios y las tropas imperiales, que acabó extendiéndose por buena parte de Europa.
Este pontífice estableció contra la herejía jueces que dependían únicamente de su persona, de esta manera la iglesia se reservaba el derecho de decidir en materia doctrinal, quitándole a los poderes públicos una importante manifestación de su autoridad. Esta Inquisición Pontificia otorgaba a los inquisidores, fundamentalmente dominicos, una gran independencia y libertad de actuación, pues únicamente debían responder de sus actuaciones ante el Santo Padre.
Este pontífice estableció contra la herejía jueces que dependían únicamente de su persona, de esta manera la iglesia se reservaba el derecho de decidir en materia doctrinal, quitándole a los poderes públicos una importante manifestación de su autoridad. Esta Inquisición Pontificia otorgaba a los inquisidores, fundamentalmente dominicos, una gran independencia y libertad de actuación, pues únicamente debían responder de sus actuaciones ante el Santo Padre.

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